A parallel BSO Metaheuristic for Molecular Docking problem

Abstract

Dans ce rapport, nous proposons un modèle parallèle d’une métaheuristique basée sur l’essaim d'abeilles (BSO) pour résoudre le problème de Docking moléculaire. Cette solution est basée sur le modèle MapReduce, nous utilisons le framework MapCG pour implémenter ce modèle sur les cartes de traitement graphique GPUs . MapCG a été développé pour simplifier le processus de programmation sur GPUs et pour concevoir des applications portables indépendamment de l'architecture matérielle. Notre solution peut fonctionner séquentiellement sur un CPU, ou en parallèle sur GPUs sans changer le code. Les expériences lors de docking d'un de complexes protéine-ligand montrent que notre solution atteint une bonne performance. l'implémentation parallèle utilisant MapCG sur GPU gagne une accélération moyenne de 10x par rapport à un seul CPU.